A dimensão do Centro, os seus propósitos e objectivos determinam de forma marcada o modelo de organização e funcionamento, assim como os mecanismos internos formais de comunicação. Através da representação da estrutura organizacional é possível percepcionar o modo como o Centro se divide em termos de administração/gestão e nos seus diferentes serviços, bem como na definição do estabelecimento da relação entre elas, traduzindo assim as relações de autoridade e os mecanismos de coordenação formal das actividades.
O Centro construiu uma estrutura organizacional focada e ajustada ao seu sector de actividade, seguindo a forma clássica de representação piramidal, cujos contributos assentam nos princípios do voluntariado, solidariedade e trabalho.